中华鲟研究所以“三峡工程鱼类资源保护湖北省重点实验室”为支撑，重点发展珍稀鱼类物种保护、水生态修复、养殖技术研发三个学科方向。

　　物种保护研究方面主要包括中华鲟等长江珍稀鱼类的生长发育规律研究、种群遗传结构分析、种质资源库建设以及中华鲟早期性别鉴定技术体系开发等方面。近年来，围绕中华鲟保护工作，取得了一系列重要研究成果：一是率先完成了中华鲟的全基因组测序和组装，以此为基础，研发DNA性别鉴定、种群梯队优选技术，实现种质资源科学化、精细化管理。二是三峡集团构建“营养+水温”周年调控技术体系，设计建设国内领先的全要素智慧养殖系统，攻克亲鱼性腺发育难题，大幅提升成熟比例；率先突破子二代、子三代中华鲟全人工繁殖技术，推动中华鲟物种保护实现从“依赖野生资源”向“人工种群可持续自我维持”的历史性跨越。三是初步建立了中华鲟等长江珍稀鱼类的种质资源库。现保存有中华鲟、长江鲟等长江珍稀鱼类细胞近1000份，冻存中华鲟亲鱼精液近2000份。四是首创“人工+自然”复合保护模式，攻克自然产卵生境营造、水流调控、雌雄同步产卵行为诱导等关键技术，实现了受控条件下中华鲟自然产卵。

　　水生态修复方面主要涉及流域生态调度效果评估、河流健康评价、生态修复技术研发等相关研究。依托长江干流梯级电站集群，在保障防洪、发电、航运、供水综合效益的基础上，针对水文节律改变等情况，精准量化生态调度水文参数，建立智能调度云平台，开展梯级水库生态调度，充分发挥世界最大清洁能源走廊的水生态修复、珍稀鱼类保护等生态效益。在金沙江流域开展人工鱼巢建设工作，在实现金沙江鱼类资源增殖的同时，也为详细掌握鱼类生态繁殖习性提供了良好的科学实验平台。借助各类调查监测工作，长期开展长江流域水生生物完整性评价指标体系的构建及评价工作，可综合反映长江流域水生生物资源及栖息生境状况，为长江十年禁渔提供坚实基础。开展黑水河鱼类栖息地修复效果监测与评估，以“人工引导-自然恢复”为核心理念，多维度构建目标生境结构及修复技术体系，栖息地生态功能明显改善。

　　在养殖技术研发方面，中华鲟研究所以保护中华鲟为主要目标，逐渐向长江上游鱼类保护拓展。先后突破并掌握长江鲟、圆口铜鱼、长鳍吻鮈、长薄鳅、厚颌鲂、岩原鲤等20余种长江珍稀特有鱼类人工繁殖技术，并持续开展增殖放流对长江鱼类资源进行补充。

　　近年来，中华鲟研究所已累计获得各类成果360余项，其中省部级科技奖励4项，集团科技进步奖和技术发明奖6项，发表各类科研论文近150篇，获得专利授权195项，牵头编制行业标准1项，企业标准8项，行业影响力得到显著提升。