中华鲟研究所以“三峡工程鱼类资源保护湖北省重点实验室”为支撑，重点发展珍稀鱼类物种保护、水生态修复、养殖技术研发三个学科方向。

　　物种保护研究方面主要包括中华鲟等长江珍稀鱼类的生长发育规律研究、种群遗传结构分析、种质资源库建设以及中华鲟早期性别鉴定技术体系开发等方面。近年来，围绕中华鲟保护工作，取得了一系列重要研究成果：一是率先完成了中华鲟的全基因组测序和组装，并基于测序结果，开发了中华鲟微卫星标记、线粒体及MHC等分子标记技术，目前正在进行SNP标记技术的开发。利用这些分子标记技术可以进行中华鲟的种质鉴定、亲缘关系分析、中华鲟核心种群筛选以及中华鲟种群遗传多样性的评估分析。二是分别通过内窥镜技术、RNA和DNA实现了中华鲟早期性别鉴定。其中采用内窥镜技术进行中华鲟性别鉴定属于国内首次应用，而利用RNA水平进行中华鲟性别鉴定则属于首创，使得中华鲟的性别鉴定可以提前到2龄阶段。近年来更是突破性地在DNA水平上发现了中华鲟性别分子标记，将中华鲟的性别鉴定提前到受精卵阶段。三是初步建立了中华鲟等长江珍稀鱼类的种质资源库。现保存有中华鲟、长江鲟等长江珍稀鱼类细胞近1000份，冻存中华鲟亲鱼精液近2000份。

　　水生态修复方面主要涉及流域生态调度效果评估、河流健康评价、生态修复技术研发等相关研究。在针对四大家鱼生态调度效果监测过程中，利用环境DNA技术监测四大家鱼繁殖群体位置和规模，为生态调度精准实施提供了技术保障。在金沙江流域开展人工鱼巢建设工作，在实现金沙江鱼类资源增殖的同时，也为详细掌握鱼类生态繁殖习性提供了良好的科学实验平台。借助各类调查监测工作，长期开展长江流域水生生物完整性评价指标体系的构建及评价工作，可综合反映长江流域水生生物资源及栖息生境状况，为长江十年禁渔提供坚实基础。

　　在养殖技术研发方面，中华鲟研究所以保护中华鲟为主要目标，逐渐向长江上游鱼类保护拓展。先后突破并掌握长江鲟、圆口铜鱼、长鳍吻鮈、长薄鳅、厚颌鲂、岩原鲤等10余种长江珍稀特有鱼类人工繁殖技术，并持续开展增殖放流对长江鱼类资源进行补充。

　　近年来，中华鲟研究所已累计获得各类成果360余项，其中省部级科技奖励4项，集团科技进步奖和技术发明奖6项，发表各类科研论文近150篇，获得专利授权195项，牵头编制行业标准1项，企业标准8项，行业影响力得到显著提升。