机构设置

科研部门

物种保护研究室

为研究所内设机构，主要负责中华鲟研究保护，储备物种和基因资源，为中华鲟等濒危（极濒危、易濒危）物种的延续提供技术支持；负责开展繁殖机理等鱼类保育技术研究、遗传管理与生物多样性保护等遗传学保护技术研究、种质资源保存技术研究及种质资源库运行；负责三峡工程鱼类资源保护湖北省重点实验室日常管理及运行等方面工作。

水生生态研究室

为研究所内设机构，主要负责开展水利工程与生态环境协调可持续发展理论与技术研究；负责流域梯级水生生态监测与环境影响评估技术等方向研究；负责生态修复技术研究、鱼类增殖放流技术研究及放流效果评估等工作。

实验生产部门

三峡实验站：
位于三峡大坝右岸，负责中华鲟研究所三峡坝区生产运行及管理工作；负责中华鲟等长江珍稀特有鱼类人工种群养殖和繁育工作。
宜昌实验站：
负责宜昌黄柏河基地生产运行及管理相关工作；负责开展中华鲟等长江珍稀特有鱼类人工种群养殖繁育工作及放流等工作。
向家坝实验站：
向家坝实验站位于宜宾市叙州区向家坝水电站建设营地，负责向家坝放流站的生产管理等相关工作；负责金沙江珍稀特有鱼类的保育研究、人工增养殖及放流等工作。
乌东德实验站
乌东德实验站位于金沙江右岸下游，距乌东德水电站坝址4.6km，负责乌东德放流站的生产管理等相关工作；负责金沙江珍稀特有鱼类保育研究、人工增养殖及放流等工作。